Heute wächst San Juan stetig, dank der Fische und verschiedenen Meeresfrüchte, die auf dem heimischen Markt verkauft werden, und der Eisenmine, die auf dem internationalen Markt gehandelt wird. In San Juan leben auch die endemischen Arten der Humboldt-Pinguine, die nur an der peruanischen und chilenischen Küste vorkommen. Das Gebiet auf der Halbinsel San Juan steht unter Naturschutz. Die Düngemittel der Humboldt-Pinguine werden in der Landwirtschaft eingesetzt, um fruchtbares Land zu schaffen. Obwohl sie geschützt sind, sind die Lebensräume der Pinguine daher stark gefährdet. Umweltorganisationen führen Sensibilisierungsprogramme speziell für Fischer durch, um sicherzustellen, dass die Humboldt-Pinguine und die natürlichen Meeresressourcen in der Region nicht durch den Einfluss des Menschen geschädigt werden. Auf der Halbinsel San Juan leben etwa 4.500 Pinguine und verschiedene Seevögel.
Die Stadt hat auch Küsten, die für den Seetourismus geeignet sind. Die Strände von Lobena, Yanyarina und La Libertad stehen dabei im Vordergrund. Hermosa, La Herradura, Cacanero, Acapulco, Los Leones, Trompa de Elefante und Tres Hermanas sind nur einige der anderen nennenswerten Strände. Der Ökotourismus ist ein weiterer Tourismuszweig, der sich in der Stadt entwickelt. Die Stadt, die unter dem Einfluss des Wüstenklimas steht, hat fast das ganze Jahr über ein trockenes Wetter. Der Flughafen San Juan ist 3,7 Kilometer vom Stadtzentrum entfernt.
5-Tage-Vorhersage • Min. / Max. Temperatur